真正細菌は莢膜を含む細胞表層構造体の違いにより、
グラム陽性菌
グラム陰性菌
の二つに分けられる。この両菌はグラム染色によって判別が可能である。これらは構造的に異なる細胞壁をそれぞれ所持しているが、細胞壁の主要な構成成分はペプチドグリカン（糖鎖とペプチドの化合物）と言われる物質である。なお、ペプチドグリカンは後述する一部のアーキア（古細菌ないし始原菌）も細胞壁構成成分として所持しているが、分子構造が決定的に異なるために、以下の分類がなされる。
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ムレイン：真正細菌の細胞壁構成成分
シュードムレイン：一部のアーキアの細胞壁構成成分
したがって、本項ではまずペプチドグリカンの一種であるムレインの構造について述べる。
ムレインは、糖鎖およびペプチド鎖からなる二種類の鎖からなる。
グリカン鎖：N-アセチルグルコサミンとN-アセチルムラミン酸が交互にβ(1→4)結合している糖鎖
テトラペプチド鎖：4つのアミノ酸がペプチド結合したもの（細菌によって異なるが主なアミノ酸はl-アラニン、d-グルタミン酸、メソ-ジアミノピメリン酸、d-アラニン）
以上の二種類の鎖は、以下の結合様式で結合し網目構造をとっている。
N-アセチルムラミン酸のカルボキシル基とl-アラニンのアミド結合
d-アラニンと隣り合うのテトラペプチドのメソ-ジアミノピメリン酸の遊離アミノ基のペプチド結合
すなわち、グリカン鎖が平行に並んでおり、N-アセチルムラミン酸に結合しているテトラペプチド同士が互いに結合し合いグリカン鎖に対して垂直方向への構造的強度を高めている。またテトラペプチド鎖は細胞膜側にも結合できるようになっており、これで細胞膜および細胞壁の結合をより強固なものにしている。